Es el máximo organismo de dirección y gobierno del Instituto. Está conformado por:

• El Rector de la Universidad del Valle, Dr. Edgar Varela Barrios.
• El Vicerrector de Investigaciones, Dr. Héctor Cadavid Ramírez.
• La Directora del Instituto Cisalva, Dra. María Isabel Gutiérrez Martínez
• Un profesor de la Universidad del Valle externo al Instituto Cisalva: el Dr. Jaime Huberto Escobar Martínez (En licencia).
• Representantes externos al Instituto que impulsan la Misión y los Objetivos del Instituto: El Dr. Rodrigo Guerrero Velasco, ex Alcalde de Cali y ex rector de la Universidad del Valle; Dr. Oscar Rojas Rentería, también ex rector de la Universidad.
• Los profesores de la Universidad del Valle que son representantes de los Grupos de Investigación que hacen parte del Instituto.

Conformado por los docentes de la Universidad del Valle vinculados al Instituto Cisalva.

Máxima autoridad ejecutiva del Instituto. Actualmente este cargo es ocupado por el Dr. Adalberto Sánchez Gómez,

El Instituto Cisalva cuenta con personal administrativo vinculado a la Universidad del Valle mediante diferentes modalidades de contratación.

Ver personal administrativo.

Además de los tres docentes de la Facultad de Salud de la Universidad del Valle, el Instituto Cisalva tiene un equipo de investigadores asociados, profesionales de diversas disciplinas, que se encuentran vinculados a la Universidad del Valle mediante diferentes modalidades de contratación.

El Instituto también es un espacio de formación para estudiantes y jóvenes interesados en nuestras áreas de investigación, quienes ingresan al equipo de trabajo mediante la modalidad de médicos en servicio social obligatorio (médico rural), pasantías de pregrado y posgrado (nacional o internacional), programa "Jóvenes Talento" de Minciencias y semillero de investigación.

Ver equipo humano.

Código de Colciencias: COL0001656.

Categoría B.

Facultad de Ciencias Sociales y Económicas.

Propone probables escenarios de negociación entre actores de la guerra, estudiando cómo se transforman sus estrategias y acciones en el tiempo. 

Código de Colciencias: COL0004049.

Categoría B.

Facultad Ciencias Sociales y Económicas.

Propicia avances en el estudio y definición de tipologías regionales en Colombia, hasta llegar a la identificación de sistemas microrregionales según criterios de epicentrismo regional y límites naturales. Ha desarrollado proyectos de investigación en el tema de seguridad vial y movilidad en conjunto con el Instituto Cisalva.

Código de Colciencias: COL0028579

Categoría C.

Facultad de Ingeniería.

Contribuye a consolidar la comprensión y reconocimiento de las áreas de interés a nivel regional en los sectores económicos que interactúan con la actividad del transporte. Ha desarrollado proyectos de investigación en el tema de seguridad vial y movilidad en conjunto con el Instituto Cisalva.